Und, schon als Feature Request gemeldet?

An vielen Stellen des Codes steht übrigens ein Array $fields_list zur Verfügung, dass man einfach für diesen Zweck benutzen kann: implode(', ', PMA_backquote($fields_list)).

Des weiteren gibt's in der Konfiguration eine Einstellung $cfg['DefaultQueryTable'], mit der man zumindest den Standardwert für tbl_query_box.php beeinflussen kann — leider ohne die von dir gewünschten Felder.