Die Antwort ist ganz einfacher: Im PNG-Format gibt es 256 Transparenz-Stufen. Ein Bereich, der komplett transparent ist wird auch im IE richtig angezeigt. Der IE hat nur Probleme, eine »halbe« Transparenz darzustellen. Zum Beispiel wenn noch der Text hinter einem Bild durch das Bild durchschimmern soll.

Wie es mit dem SP2 vom IE aussieht weiß ich nicht, kann sein, dass der IE das jetzt doch packt. Aber es liegt auf jeden Fall nicht am Programm, mit dem die Bilder gemacht werden, sondern am IE. Du wirst also keines finden.