diplomdirekt.bat funktioniert nur, wenn die Datei diplom.tex heißt. Ansonsten ist ein Aufruf über Kommandozeile notwendig, um einen Parameter, den Dateinamen, mit auf dem Weg zu geben.

Der zweite Fehler deutet eher darauf hin, daß vermutlich eine der Glossardateien entweder fehlt oder sich da etwas verändert hat. Das ganze wurde auf Basis MikTeX 2.5 geschrieben, du nutzt MikTeX 2.7. Da kann durchaus sein, daß sich irgendetwas verändert hat. Wenn ich etwas Zeit habe, kann ich das ganze Mal für die aktuelle MikTeX-Version testen. Alternativ bliebe ansonsten nur das händische Auffüllen des Glossars (schau dir die Datei an und wende es für deine Begriffe an), dann wird es halt nicht automatisch sortiert.