Mit den internen Verlinkungen im PDF bei den Verzeichnissen hatte ich auch Probleme (ein Klick vom Inhaltsverzeichnis zum Abbildungsverzeichnis lande ich genau unterhalb der Überschrift für dieses — und nicht drüber). Aber das habe ich toleriert, bzw. war mir egal. Im PDF ist es nicht so gravierend, und ausgedruckt völlig schnuppe.

Der Befehl zum Festlegen der Seitennummern lautet setpagenumber